Jalview 2.11 | Mac英文版 | 多序列比对软件 | 安装教程

Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析程序。

Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析程序。使用系统发育树和主成分分析 (PCA) 图对序列进行分析，并探索分子结构和注释。

Jalview 内置了 DNA、RNA 、蛋白质序列的结构可视化和分析功能，它使用 Jmol 查看 3D 结构，使用 VARNA 显示 RNA 二级结构，Jalview 还可以连接数据库进行分析服务。

Jalview使用方法

1. 导入序列

你可以导入你的fasta格式的序列，也有其他很多种形式的格式，自行选择。

2. 多序列比对

序列载入之后，出现的画面。最下面是一些注释信息，你可以选择去掉，或者保留。

选择所有序列后，开始进行序列比对，选择相应的比对算法，我这里选择muscle方法，并且是默认参数。

3. 去掉多余的信息并且分行显示

为了输出多序列比对结果，我们将不必要的信息隐藏，然后尽量美观的显示序列比对结果。

4. 相似性显示不同颜色，进行美化

一般我们要区分一致性高低的氨基酸，并通过不同颜色来进行更好的可视化。

5. 导出图片

图片格式有很多种，你可以选择不同的格式，一边我们就选PNG，如果要高质量发表水平的，你可以选择svg或则eps格式。