VMD 1.9.4 安装包 | Mac英文版 | 分子动力学模拟可视化软件

下载说明

[软件名称]：VMD

[界面语言]：英文

[软件分类]：生物医学

[安装环境]：Win7 或更高

[系统位数]：32+64位

[下载链接]：见文末

[小编微信]：SukiluSukilu

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软件介绍

VMD（Visual Molecular Dynamics）1.9.4 是一款功能强大的分子动力学模拟可视化软件。

主要用于分子动力学轨迹的可视化和分析。这款软件由伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的Theoretical and Computational Biophysics Group开发和维护。它具有以下和功能：

分子可视化：能够以三维模型的形式展示分子结构，使用户可以直观地观察分子的几何结构、构象变化和相互作用。
显示模式多样：例如以线状（lines）、CPK（不同大小的球来显示原子并以相应化学键连接）、New Cartoon（只显示蛋白质的碳骨架并展示出不同的二级结构）等模式显示分子。
显示效果可调节：每一种显示模式都可以进一步设置显示效果，如对于 CPK 模式，可以调整原子球的大小、改变化学键的粗细以及设置不同的分辨率等。
多种着色方案：提供多种着色方法，如按原子名着色（name）、按二级结构着色（secondary structure）、按氨基酸类型着色（restype）、按残基名着色（resname）等，还可根据特定值选择部分原子进行着色。
对象选择：通过自带的 selection 功能，用户可以使用各种条件和逻辑词组合来选择要操作的分子对象部分，例如选择特定的原子、残基、二级结构或根据距离等条件进行选择。
分析分子动力学模拟结果：支持分析分子动力学模拟的轨迹，例如观察分子中的能量、键长、键角等属性的变化情况。
生成分子表面：可以生成分子的表面网格，帮助理解分子的表面形态和特征。
分子插值：提供插值算法，能根据已知结构生成中间结构，从而观察分子构象变化的过程。
支持多种文件格式：可以导入和导出如 gro、pdb 等格式的文件。

以下是 VMD 1.9.4 的一些基本操作步骤：

下载与安装：需先注册账号，然后使用邮箱登录免费下载。Windows 系统下直接运行.exe 文件根据提示安装；Linux 系统下，下载完成后解压安装包，进入文件位置，依次输入运行相关命令进行安装（具体命令可参考上文所述）。
界面介绍：打开 VMD 后会出现三个窗口，分别为主窗口（vmd main）、显示窗口（vmd open gl display）和命令窗口。可通过主窗口菜单栏的 file->new molecule 打开 molecule file browser 窗口，选择要导入的文件（注意目录名、文件名不应出现中文），设置文件类型（一般可自动读取），点击 load 按钮导入结构，其会以默认显示方案显示在显示窗口中。也可在 Linux 系统终端直接输入命令导入文件。
改变视角：鼠标移至显示窗口，按住鼠标左键拖动可旋转结构；按住右键左右拖动，蛋白质结构会垂直于屏幕旋转；滑动鼠标滚轮可放大或缩小蛋白。VMD 中有多种鼠标模式，默认是旋转模式（rotatemode，r），还可在主窗口菜单栏的 mouse 菜单中改为移动模式（translatemode，t）或缩放模式（scalemode，s）。在中心模式（center，c）下，鼠标在显示窗口内为十字，可将十字放在想要作为旋转中心的原子上点击，再按住鼠标左键旋转，就会以新定义的中心进行旋转。在主窗口中点击 display->reset view，或在显示窗口内点击“=”键，可将当前显示对象居中。
修改显示样式：在主窗口菜单栏点击 graphics->representations 打开 graphical representations 窗口，在 selected molecule 下拉菜单中选择对象，点击 create rep 创建新的表示（可创建多个，效果可叠加），点击 delete rep 可删除表示。窗口中的 style 为样式显示方案，color 为颜色显示方案，selection 为内容显示方案。可在下拉菜单中选择着色、显示样式、显示材质等方案，并可进一步设置显示效果。
选择对象方式：在 graphical representations 窗口中选择 selections 标签，single words 部分可看到输入选项列表，可在 selected atoms 文本输入框输入相应语句选择特定对象，如“helix”选择螺旋结构，或使用逻辑词组合进行更复杂的选择。也可根据蛋白质某些部分的特定值进行选择，使用 keyword 和 value 组成的词组输入 selected atoms 文本输入框。此外，within 命令可用于范围选择。
更改背景色：在主窗口菜单栏点击 graphics->colors 打开 color controls 窗口，在 categories 选择 display，names 选择 background，colors 选择 white 即可将背景色改为白色。修改其他对象颜色的操作类似。
隐藏坐标轴：在主窗口菜单栏点击 display->axes->off 可隐藏坐标轴